Univerzitet u Sarajevu baštini tradiciju visokog obrazovanja u Bosni i Hercegovini i Sarajevu, koja ima stoljećima dugu historiju. Institucionalni počeci visokog obrazovanja su identični univerzitetskoj tradiciji zapadne Evrope. 1531. godine Gazi Husrev-beg je u Sarajevu utemeljio Hanikah, visoku školu sufijske filozofije, koja je 1537. godine dopunjena ustanovom na kojoj se izučavaju islamske nauke. Prema tome, ovdje su njegovane tri discipline klasičnih katoličkih univerziteta: teologija, pravo i filozofija, a postojala je i univerzitetska biblioteka.

Ova institucija je do kraja 19. stoljeća bila najveće učilište u Bosni i Hercegovini, a od početka je bila u istom rangu sa medresom sultana Bajazita u Istanbulu, upravo onom institucijom koja se nalazi u osnovi starog istanbulskog univerziteta.

U Austro-Ugarskom periodu, tačnije 1887. godine, je proradila Šerijatska sudačka škola, kao petogodišnja viša škola.

Savremena historija Univerziteta u Sarajevu otpočela je otvaranjem prvih svjetovnih visokoškolskih institucija neposredno pred II svjetski rat i u toku rata (Poljoprivredno-šumarski fakultet, 1940. godine; Medicinski fakultet, 1944. godine. 1946. godine obnovljen je rad Medicinskog fakulteta, otvoreni su Pravni fakultet i Viša pedagoška škola, a 1948. godine obnovljen je rad Poljoprivredno-šumarskog fakulteta.

1949. godine otvoren je Tehnički fakultet. Drugog decembra iste godine sa izborom prvog rektora, počeo je s radom Univerzitet u Sarajevu. Sa otvaranjem Filozofskog fakulteta 1950. i Ekonomskog fakulteta 1952. godine završena je prva, inicijalna faza osnivanja Univerziteta u Sarajevu.